Sustavno uništenje Židova i drugih nearijevskih naroda počelo je uspostavom nacističkoga režima u Njemačkoj 1933. – diskriminacijom, bojkotom, otpuštanjem iz javnih službi… Nürnberškim zakonima iz 1935. Židovi su lišeni građanskih prava i počinje njihovo proganjanje i fizičko zlostavljanje, posebno brutalno nakon Kristalne noći 1938. Od tada im je zabranjen boravak na javnim mjestima (parkovi, knjižnice, muzeji), morali su preseliti u posebne dijelove gradova, geta, njihova djeca nisu smjela pohađati javne škole, a svi stariji od šest godina morali su nositi žute Davidove zvijezde. U ljeto 1941., je počela treća faza – sustavno masovno istrjebljenje. Tada su po Hitlerovoj naredbi počele pripreme za “konačno rješenje židovskog pitanja”. Od početka 1942., organiziran je sustav koncentracijskih logora s plinskim komorama, a najzloglasniji su bili na teritoriju okupirane Poljske (Auschwitz, Treblinka, Majdanek, Sobibor). Tijekom holokausta stradalo je oko 6 milijuna Židova, gotovo dvije trećine ukupnoga broja europskih Židova, i oko 5 milijuna pripadnika drugih naroda.
U provođenju politike progona Židova sudjelovale su i vlasti Nezavisne Države Hrvatske. Po uzoru na nacističku Njemačku, doneseni su rasni zakoni na temelju kojih su Židovi bili proganjani, zatvarani i ubijani, a njihova imovina opljačkana. U proljeće i ljeto 1941., uspostavljeni su koncentracijski logori (Jadovno, Jasenovac, Stara Gradiška), gdje su masovno ubijani Srbi, Židovi, Romi i protivnici ustaškog režima (komunisti i HSS). Od ukupno 39.000 Židova na području NDH stradalo ih je više od 30.000, najveći dio u ustaškim logorima, a oko 7.000 otpremljeno je u nacističke logore, najviše u Auschwitz. Preživjelo je manje od 9.000 Židova, oko 5.000 s područja Hrvatske i oko 4.000 s područja BiH.
Holokaust nije počeo pogubljenima. Počeo je govorima i – šutnjom. Pjesma u kojoj se osuđuje šutnja njemačkih intelektualaca u vrijeme uspona nacista pripisuje se pastoru Martinu Niemölleru koji je u početku podržavao Hitlerov uspon (u nadi da će uništiti komunizam), ali se razočarao i započeo otpor protiv Hitlera. Zbog toga je 1937. zatvoren i do kraja rata je preživljavao u logorima. Iako se često citira, tekst njegove pjesme nije siguran, postoji nekoliko verzija. Niemöller je 1971. godine izjavio da se ne sjeća što je točno izjavio 1946. (vjeruje se da je citat tada nastao), ali ako ga se oko toga već toliko gnjavi onda neka bude verzija sa komunistima, sindikalistima, Židovima i “sa mnom”.
Kada su nacisti došli po komuniste,
Martin Niemöller, 1946
ja sam šutio; jer nisam bio komunist.
Kada su zatvorili sindikalce,
ja sam šutio; jer nisam bio sindikalac.
Kada su došli po Židove,
ja se nisam pobunio; jer nisam bio Židov.
Kada su došli po mene,
više nije bilo nikog, da se pobuni.